Ο Άγιος Νεκτάριος (κατά κόσμον Αναστάσιος Κεφαλάς) έπασχε από χρόνια προστατίτιδα, η οποία του δημιουργούσε αφόρητους πόνους, και έτσι μετέβη στην Αθήνα, στο Αρεταίειο νοσοκομείο. Εκεί διαγνώστηκε με καρκίνο του προστάτη και νοσηλεύτηκε για σχεδόν δύο μήνες.
Γύρω στα μεσάνυχτα της 8ης προς 9ην Νοεμβρίου του 1920 ανεχώρησε για τους Ουρανούς, σε ηλικία 74 ετών.
Σύμφωνα με τον βίο του, αφού εξέπνευσε, οι μοναχές που βρισκόταν στο πλευρό του, έβγαλαν τα ρούχα του και τα ακούμπησαν στο διπλανό κρεβάτι, όπου νοσηλευόταν ένας 40χρονος που είχε μείνει παράλυτος έπειτα από εγκεφαλικό επεισόδιο.
Όταν ακούμπησαν τα ρούχα του Αγίου Νεκταρίου στο σώμα του, έγινε το θαύμα. Εκείνος σηκώθηκε και περπάτησε!
«Σηκώθηκα, περπατάω!», ανέκραξε δυνατά, «Θεέ μου, έγινα καλά! Τι έχει αυτή η φανέλα;».
Το νεκρό σώμα μοσχομύριζε. Η γερόντισσα πήρε τη φανέλα, την έβαλε ένα κουβάρι στο ράσο της.
Απόρησαν oι γιατροί, απόρησε και το προσωπικό του νοσοκομείου όταν έμαθαν πως ο φτωχός ρασοφόρος από την Aίγινα ήταν άλλοτε γενικός διευθυντής στη Ριζάρειο Σχολή και δεσπότης», αναφέρεται στον βίο του.
Αυτό ήταν και το πρώτο θαύμα του Αγίου Νεκταρίου Αιγίνης που καταγράφηκε αμέσως μετά την κοίμησή του.
Το σκήνωμα του Αγίου μεταφέρθηκε στην Αίγινα και από το λιμάνι μέχρι τη Μονή το μετέφεραν στα χέρια τους οι πιστοί. Το ιερό του σκήνωμα ήδη είχε αρχίσει να αναδίδει ευωδία. Η ταφή του έγινε στο προαύλιο της Μονής, δίπλα στο αγαπημένο του πεύκο.
Όταν, έπειτα από έξι μήνες, άνοιξαν το μνήμα για να τοποθετηθεί μια επιτύμβια πλάκα -δωρεά της Ριζαρείου-, το σκήνωμά του εξακολουθούσε να ευωδιάζει, χωρίς να παρουσιάζει το παραμικρό σημάδι αλλοίωσης.
Ενάμιση χρόνο αργότερα, το μνήμα ξανανοίχτηκε και το ιερό σκήνωμά του εξακολουθούσε να παραμένει άφθαρτο και ευωδιάζον. Το ίδιο συνέβη και τρία χρόνια μετά την κοίμησή του. Συνολικά, το σκήνωμα του παρέμεινε σε αυτή την κατάσταση για είκοσι ολόκληρα χρόνια!
Τριάντα δύο χρόνια, δε, μετά την κοίμησή του έγινε η ανακομιδή των λειψάνων του, στις 2 Σεπτεμβρίου του 1953, από τον Μητροπολίτη Προκόπιο.
Η επίσημη αναγνώρισή του ως Αγίου της Ορθοδόξου Εκκλησίας μας έγινε το 1961 με Πατριαρχική Συνοδική Πράξη από το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Τότε καθορίστηκε και η 9η Νοεμβρίου ως ημέρα εορτής του Αγίου Νεκταρίου.
Καθημερινά, δεκάδες πιστοί προσέρχονται στον τάφο του και πολλοί υποστηρίζουν ότι έχουν ακούσει τον Θαυματουργό Άγιο, να μετακινεί ή να χτυπάει από μέσα με τη Ράβδο του, υποδηλώνοντας με τον τρόπο αυτόν τη ζωντανή παρουσία του ανάμεσά μας, ενώ το ίδιο Θαύμα συμβαίνει και στη Μεγάλη Εκκλησία του Αγίου όπου φυλάσσεται το χέρι του.
